Nació en Tasmania en 1961. Estudió en la Universidad de Tasmania y en el Worcester College en Oxford. Luego de publicar una serie de libros de no ficción, su primera novela, Death of a River Guide (1994), fue recibida por el Times Literary Supplement como uno de los debuts más auspiciosos de la literatura australiana, un juicio que se confirmó con cada una de sus obras subsiguientes, entre ellas Gould’s Book of Fish, ganadora del Commonwealth Prize en 2002, y The Narrow Road to the Deep North, que recibió el Man Booker en 2014. Además de novelas, Flanagan escribió y dirigió una película basada en su best-seller The Sound of One Hand Clapping (1998), y ha colaborado en numerosos medios internacionales como Le Monde, The Daily Telegraph, el New York Times y la revista New Yorker con piezas sobre medioambiente, literatura y política. El Washington Post lo mencionó como «uno de los más grandes novelistas vivos», y The Economist como «el novelista australiano más sofisticado de su generación». Además, Flanagan es activista y colabora en la preservación del entorno natural tasmano. Vive en Hobart, Tasmania, junto a su familia.

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